Araştırma Fonu adı altında çalışmalarına devam eden birim, 2002 yılında Araştırma Fon faaliyetlerinin durdurulması ve 10.04.2002 tarih ve 24722 sayılı Resmi Gazete’de yayınlanan Yükseköğretim Kurumları Bilimsel Araştırma Projeleri hakkındaki yönetmelik ile Bilimsel Araştırma Projeleri (BAP) Koordinasyon Birimi’ne dönüştürülmüştür.
Üniversitemiz öz gelirleri ile destekli projeler, Yükseköğretim Kurumları Bilimsel Araştırma Projeleri Hakkında Yönetmelik kapsamında ve Dokuz Eylül Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Yönergesi uyarınca yürütülmekte, proje başvuru aşamasından sonlandırma aşamasına kadar tüm işlemler ile bütün satın alma süreçleri BAPSİS otomasyonu üzerinden gerçekleştirilmektedir.
Yönetmelikte; Bilimsel Araştırma Projeleri Komisyonunun sekretarya hizmetlerinin yürütülmesi, bütçe ödeneklerinin özel hesaba aktarılması, özel hesaba ilişkin iş ve işlemlerin yürütülmesi ve yükseköğretim kurumu araştırmacılarının görev aldığı ulusal ve uluslararası organizasyonlarca desteklenen projelerin ilgili mevzuatla belirlenen süreçlerinin yürütülmesi, izlenmesi ve üst yöneticinin bilimsel araştırma projeleri ile ilgili olarak vereceği diğer görevleri ilgili birimlerle koordine halinde yürütmekle sorumlu birimi olarak tanımlanan koordinatörlüğümüz bünyesinde öz gelir destekli projelerin yanı sıra
- Cumhurbaşkanlığı Strateji ve Bütçe Başkanlığı,
- TÜBİTAK,
- TÜSEB,
- Bilim, Sanayi ve Teknoloji Bakanlığı,
- Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı,
- İzmir Kalkınma Ajansı,
- Başbakanlık Afet ve Acil Durum Yönetim Başkanlığı
gibi kurumların destekli projelerin özel hesap ve satın alma süreçleri ile muhasebe kayıtlarının tutulması sağlanmaktadır.